Stalin yakini jika tiap bangsa dan barisan etnis seharusnya mempunyai hak untuk berekspresif.[234] Dia memberikan fasilitas ini dengan membangun “republik-republik otonom” di negara Rusia, dan di sana barisan etnis minoritas bisa atur beragam masalah regional.[235] Sebagian orang komunis merasa sedih karena Stalin dirasakan terlampau runduk ke nasionalisme petit-bourgeois (secara harfiah bermakna “borjuis kecil “), sedangkan yang lain menganggap terlampau memfokuskan diri ke Rusia dengan membangun institusi-institusi itu dalam negara Rusia.[234] Daerah Kaukasus menjadi masalah tertentu karena wilayah ini benar-benar multikultural.[236] Stalin melawan ide pendirian republik otonom Georgia, Armenia, dan Azerbaijan, karena dia merasa jika republik-republik itu akan menginjak-injak barisan minoritas di daerah mereka; sebagai penggantinya, dia mengatakan pembangunan Republik Soviet Federatif Sosialis Transkaukasia.[237] Partai Komunis Georgia melawan ide itu, hingga memacu Kasus Georgia.[238] Pada musim panas tahun 1921, dia kembali lagi ke Kaukasus selatan, dan di sana dia mengatakan ke beberapa komunis Georgia untuk menghindar dari nasionalisme Georgia yang memiliki sifat chauvinistik yang dia yakin akan tidak pedulikan minoritas Abkhazia, Ossetia dan Adjaria.[239] Sepanjang lawatan ini, Stalin berjumpa dengan putranya, Yakov, dan membawa lagi ke Moskow;[240] Dalam pada itu, Nadya melahirkan putra Stalin lainnya, Vasily, pada Maret 1921.[240]
Sehabis perang saudara, beberapa pekerja lakukan berhenti kerja dan beberapa petani melawan, umumnya melawan project penuntutan pangan dari Sovnarkom; mengakibatkan, Lenin berlakukan program reformasi fokus pasar yang disebutkan Peraturan Ekonomi Baru.[241] Ketika yang masih sama, terjadi kerusuhan di badan Partai Komunis, karena Trotsky pimpin sebuah pihak yang mengatakan pembubaran serikat-serikat buruh; Lenin melawannya dan Stalin selanjutnya menolong Lenin galang support menantang Trotsky.[242] Stalin siap pimpin Departemen Gejolak dan Propaganda di Sekretariat Komite Pusat.[243] Sepanjang Konferensi Partai kesebelas di tahun 1922, Lenin mengusung Stalin sebagai Sekretaris Jenderal Partai yang baru, walaupun ada kekuatiran jika kedudukan baru ini akan membuat kerepotan dan memberinya kebanyakan kekuasaan.[244] Untuk Lenin, Stalin ialah sekutunya, dan dengan tempatkan sekutunya di kedudukan yang terpenting, dia bisa menjaga peraturan-kebijakannya.[245]
Pada Mei 1922, Lenin alami gempuran stroke dan lumpuh beberapa.[246] Dia ada di dacha Gorki kepunyaannya, dan pada periode ini hubungan dengan Sovnarkom ditengahi oleh Stalin yang kerap bertandang.[247] Lenin 2x minta Stalin untuk menyiapkan racun supaya dia dapat bunuh diri, tapi Stalin tidak pernah menurutinya.[248] Walaupun demikian, Lenin sebetulnya tidak menyenangi apa yang disebut sebagai karakter “Asiatik” Stalin, dan berbicara ke saudarinya Maria jika Stalin “tidak pintar”.[249] Lenin dan Stalin beradu opini masalah permasalahan perdagangan luar negeri; Lenin yakini jika negara Soviet harus mempunyai monopoli atas perdagangan luar negeri, tapi Stalin memberikan dukungan pandangan Grigori Sokolnikov jika ini tidak bisa direalisasikan ketika tersebut. [250] Ketidaksepakatan yang lain terkait dengan Kasus Georgia, karena Lenin memberikan dukungan kemauan Komite Pusat Georgia untuk membangun Republik Soviet Georgia.[251]
Mereka berbeda pandang hal jati diri negara Soviet. Lenin mengatakan supaya negara itu ganti nama menjadi “Uni Republik Soviet Eropa dan Asia”, yang memperlihatkan kemauannya untuk meluaskan daerah di ke-2 benua itu. Stalin yakini jika perlakuan ini akan menggerakkan kemauan untuk merdeka di kelompok non-Rusia, dan dia memiliki pendapat jika etnis minoritas akan merasa senang dengan kehadiran “republik otonom” di Republik Sosialis Federatif Soviet Rusia.[252] Lenin mendakwa Stalin berpedoman pandangan “chauvinisme Rusia Raya”, sedangkan Stalin mendakwa Lenin sebagai seorang yang berkeyakinan “liberalisme nasional”.[253] Pada akhirannya mereka juga bersepakat dan nama negara itu ditukar menjadi “Uni Republik Sosialis Soviet”.[254] Pembangunan Uni Soviet diratifikasi pada Desember 1922; walaupun dengan sah bersistem federasi, semua keputusan penting diambil oleh Politbiro di Moskow.[255] Meskipun sepakat sudah terwujud, Lenin dan Stalin bukan hanya berbeda masalah peraturan, tapi juga hal masalah pribadi; Lenin benar-benar geram sesudah Stalin tidak santun dengan istrinya di telephone.[256] Pada beberapa tahun akhir hidupnya, Lenin makin kerap menulis catatan yang merendahkan Stalin dan beberapa pernyataan itu menjadi warisannya. Dia mengomentari sikap Stalin yang kasar dan kekuasaannya yang terlalu berlebih, serta dia mengajukan usul supaya Stalin dicabut dari kedudukan Sekjen.[257]